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U.V. n° 258
MAITRISE ET GESTION DES ECOSYSTEMES MICROBIENS COMPLEXES
Série MM du 24/09 au 19/10/07
Durée prévue : 48 heures (4 ECTS)
Nombre d'étudiants : 18 maxi
Localisation et organisateur :
AgroParisTech Massy
Responsable : Marielle BOUIX Téléphone : 01.69.93.50.17
Liste des élèves inscrits, cliquez
sur :
Inscrits en UV 258.pdf
La microbiologie Pasteurienne
consiste généralement à étudier des souches en culture pure ce qui a permis de
faire progresser considérablement les connaissances, et, sur le plan pratique
d’améliorer les rendements de production de métabolites microbiens dans les
procédés industriels. Toutefois, dans la nature les microorganismes sont la
plupart du temps associés en écosystèmes, avec des interactions fortes entre
espèces de synergie ou d’antagonismes. Pour des raisons méthodologiques, l’étude
des écosystèmes microbiens s’est limitée pendant longtemps à la fraction
cultivable des micro-organismes. Nous savons aujourd’hui que cette fraction ne
représente qu’une faible part (1 à 10%) des bactéries présentes dans les
écosystèmes naturels. L’arrivée de techniques moléculaires (approche ARNr, suivi
de gènes de fonction, méta-génomique, utilisation d’isotopes stables…) permet
aujourd’hui d’appréhender ces systèmes dans toute leur diversité écologique et
fonctionnelle en s’affranchissant de l’isolement et de la propagation des
micro-organismes sur boîte de Petri.
L’enseignement présentera d’une part,
les méthodologies d’études des écosystèmes microbiens complexes, et d’autre part
l’apport de ces techniques à la compréhension du fonctionnement des communautés
microbiennes complexes à l’aide de quelques exemples pris dans les domaines
alimentaires et environnemental : écosystèmes lait-fromage, raisins-vins,
écosystèmes microbiens aérobies et anaérobies impliqués dans la dépollution des
eaux, écosystème intestinal.
Des enseignants (AgroParisTech), des
chercheurs (INRA, Cemagref) et des industriels assureront l’enseignement. Il
sera illustré par des visites de laboratoires et de site industriel.
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